在咖啡豆进行自然发酵的过程中，一个复杂而微妙的生物化学舞台正在上演。这里，酵母和微生物如同小小的工匠，在糖分和咖啡胶质中释放出酶，它们像魔法师一样，将这些原料转化为酒精酸。这一变化不仅影响了咖啡的味道，还改变了它的颜色、pH值以及胶质结构。在这一过程中，一种被称作saccharomyces cerevisiae（面包酵母或酿酒酵母）的有机微生物扮演着关键角色。这种微生物可以在葡萄表皮、可可豆甚至其他水果表皮中找到，它们通常也会出现在葡萄酒生产中。

然而，与葡萄不同，咖啡并不适应野生的酵母和微生物发酵过程，而是依赖于土壤环境（terroir）和细腻气候（microclimate）的支持来促进这个过程。发酵速度受到多种因素影响，如内部温度、内部系统类型、发酵时间、胶质质量、酸度水平以及氧气通道状况等，这些都能直接影响最终产品——咖啡品质。

自然发酵有几种不同的形式：干发酵Dry fermentation）、湿发 酱Wet fermentation）、闭合发 酲Closed fermentation）。每一种方法都有其独特之处，都对最终产品产生深远影响，从而塑造了咖啡完整性的一部分。